《惊变28年2：白骨圣殿》延续了前作末日求生的紧张氛围，将故事舞台从废墟城市转向了更为神秘诡异的“白骨圣殿”。影片开篇，主角艾莉森在逃离丧尸围城后，意外发现了一处由人类幸存者建立的宗教化避难所——白骨圣殿。这里由自称“先知”的领袖掌控，利用人们对末日病毒的恐惧，建立起一套扭曲的信仰体系，宣称唯有服从圣殿规则，才能获得救赎。然而，圣殿光鲜的外表下，隐藏着用活人进行病毒实验的残酷真相。
剧情核心围绕艾莉森潜入圣殿调查展开。她伪装成流浪幸存者加入圣殿，逐渐接触到内部层级。圣殿分为三层结构：外层是普通信徒的生活区，中层是武装守卫的训练营，而核心区域则是禁止外人进入的实验室。艾莉森在中层结识了因怀疑圣殿而暗中反抗的守卫队长马克，两人结成同盟。与此同时，圣殿外部，前作中幸存的小队成员杰克和米娅正试图联络反抗军，计划从外部攻破圣殿。
人物关系网错综复杂。艾莉森与马克从相互利用发展到生死与共，他们的感情线成为黑暗中一抹暖色。而“先知”与其副手克拉拉的关系则充满控制与背叛——克拉拉曾是病毒研究员，因良知未泯暗中帮助实验受害者，最终选择倒戈。外部反抗军领袖雷欧是杰克失散多年的兄弟，兄弟重逢却因理念冲突产生裂痕：杰克主张摧毁圣殿，雷欧则希望夺取实验数据拯救感染者。多条叙事线在影片高潮处交汇，当丧尸群被圣殿爆炸引燃的大火吸引而来时，内部反抗与外部进攻同时爆发，所有人物在白骨堆砌的圣殿祭坛前迎来命运决战。
影片通过“白骨圣殿”这一意象，深刻探讨了末日环境下权力与信仰的异化。那些累累白骨不仅来自丧尸受害者，更包括被“净化仪式”杀害的所谓“异端”。最终艾莉森与马克炸毁实验室，带着部分实验数据与幸存者逃离，而“先知”则在丧尸涌入时于祭坛上癫狂自焚，象征着极端秩序的覆灭。片尾彩蛋显示实验数据中隐藏着病毒溯源的关键线索，为第三部埋下伏笔。整部电影在动作场面与心理博弈间取得平衡，人物在极端环境下的道德抉择令人深思。