《真人快打2》作为《真人快打》系列的重要续作，延续了第一部电影的世界观，故事设定在外世界（Outworld）与地球（Earthrealm）的冲突升级之后。剧情开始时，地球战士在雷电（Raiden）的领导下赢得了第一次锦标赛的胜利，暂时阻止了外世界的入侵。然而，尚宗（ShangTsung）的倒台并未平息危机，新的威胁迅速浮现。外世界的皇帝邵康（ShaoKahn）亲自登场，他无视锦标赛规则，强行打开通道入侵地球。雷电意识到必须联合残余的战士来应对这场全面战争，而刘康（LiuKang）、索尼娅（SonyaBlade）和凯奇（JohnnyCage）等核心人物再次成为关键。
在剧情详解中，电影深入探讨了每个角色的背景和动机。刘康作为地球的冠军，必须面对内心的恐惧和过去，他在修行中与孔老（KungLao）的鬼魂相遇，得知自己必须打破命运的束缚。索尼娅则专注于追踪黑帮头目卡诺（Kano），却发现他被邵康招募为间谍，这使她陷入信任与复仇的两难。凯奇作为好莱坞明星，最初只想利用这场冲突拍电影，但逐渐意识到责任的重量。同时，新角色如杰德（Jade）、巴卡（Baraka）和蝎子（Scorpion）等登场，他们各自代表外世界的不同势力。杰德作为邵康的忠诚卫士，却因过去的恩情而摇摆于正义与职责之间；巴卡是塔卡坦族的领袖，为生存而战；蝎子则在寻找杀害自己家族的真正凶手，他揭示了与绝对零度（Sub-Zero）之间的宿命恩怨。
人物关系方面，《真人快打2》构建了复杂的情感网络。刘康与吉塔娜（Kitana）的关系进一步深化，吉塔娜作为邵康的养女，内心挣扎于对父亲的忠诚与对地球的爱，她的真相渐被揭露，实际上是另一个被囚禁公主的灵魂转移。雷电与尚宗之间形成微妙的抗衡，尚宗虽死但以鬼魂形式操纵事件，试图报复雷电。卡诺与索尼娅的敌对关系升级，但卡诺偶尔展现的残忍幽默感为其增添层次。此外，蝎子与绝对零度的冲突不仅是个人的，更反映了林圭族与白莲教之间的血仇。最终，各方势力在邵康的擂台上汇聚，刘康必须面对邵康的终极挑战，而这场战斗不仅决定地球的存亡，也改变了每个角色的命运，为后续故事埋下伏笔。